治疗手足口病采用中药效果最好，一般用内服药和口腔涂药相结合，无并发症者一周左右即可治愈预后良好。也可采用抗病毒药物治疗。
要定时让患儿用温水冲漱口腔；禁食冰冷或辛辣有刺激的食物，不要给予咸食，以免引起疼痛而拒食；饮食要易消化，吃一些清淡、质软、温性的饭菜，多喝温开水；要让患儿有足够的休息；要保证患儿衣服清洁，避免皮疹感染。
急性发作期 手、足、口腔粘膜满布疱疹或溃疡，疼痛、发热烦燥，舌红、苔白或黄，指纹青紫或脉数。证因外感时邪病毒，脾胃蕴热泪盈眶郁蒸所致，治宜清热泻脾，解毒凉血，方用自拟清热泻脾饮。
药物组成：金银花、蒲公英、黄芩各10克，连翘9克，野菊花、赤芍大青叶各12克，石膏15至30克。兼高热有动风之亦者加羚羊角、蝉蜕；兼心米之炽盛者，合导赤散；若大便秘结者加大黄、生地黄苡仁；兼阴虚者加麦冬、知母；兼风热犯肺者加桑叶、苦杏仁。每日1剂，水煎分2次服。
