现代医学认为，月经头痛的原因有生理性也有病理性。而中医认为头痛和女性经期气血亏虚有关。
现代科学认为，经期头痛和月经期间血清当中雌醇浓度下降有关。由于女性的生理因素影响，在行经期间以及行经前后，女性血清当中的雌二醇浓度会有所下降，这种变化会导致血管张力发生改变，从而令一些对此敏感的女性发生头痛，月经后，血清中雌二醇浓度回复至正常，病人的头痛亦可缓解。还有一种可能性存在，雌激素（包括雌二醇）可通过刺激泌乳素分泌，进而直接或间接地刺激前列腺素分泌，而前列腺素作用于血管，引起血管的收缩和扩张，这种变化由于雌激素的影响也呈现周期的变化，从而激发头痛发作。
而中医认为，经期头痛和气血亏虚、肝火偏旺相关，而气血亏虚就是引起经期头痛的最主要原因。女性行经期间，经血大量流失导致气血亏损。气血亏损导致血气运行不畅，血淤则不通，不通则痛，如果不能及时治疗，就会转化为周期性或是其它类型较为严重的头痛。
现实生活当中的一些不如意，也成为了诱发经期头痛的引火线。现实生活工作压力大，女性朋友们在家庭生活和工作时难免遭遇一些不顺心的事或一些棘手的问题，加上现代都市紧张的生活和工作压力，使大脑神经处于紧张状态。精神疲乏、缺少运动、睡眠不足，甚至还有些女性，因为减肥长时间不吃东西。这些不好的生活习惯，都可能会导致内分泌紊乱，进而引发经前综合征。
