总的来讲，试管婴儿移植技术是安全的，但可能会出现一些并发症，需要特别注意。
1、卵巢过度刺激综合征
由于多个卵泡生长，导致体内一些因子发生改变，使得血管内液体漏到腹腔，甚至胸腔内，引起胸腹水。发生率约为10%。多数人症状较轻，表现为腹胀、腹部不适、轻度恶心，可以不予处理；但少数人会出现严重腹胀、少尿、腹痛、纳差，甚至出现胸闷、气短等症状，此时需要给予静脉补液，甚至收入院治疗。不足1%的人可能发生血栓或肾功能衰竭。
2、取卵造成的副损伤
①膀胱损伤，患者可以出现血尿，通常通过留置尿管，进行膀胱冲洗，可以达到止血的目的。
②偶尔会穿刺到肠管或盆腔内血管。
③卵巢出血：少数情况下被穿刺的卵巢会持续出血，有时甚至需要开腹止血。
④盆腔感染
3、卵巢扭转
由于促排卵治疗导致多个卵泡生长，或取卵后形成多个黄体囊肿，使卵巢明显增大，此时当妇女活动过度或改变姿势过于迅速时，会导致卵巢扭转。患者会出现突发的剧烈腹痛，可伴有恶心、呕吐，如果扭转的卵巢不能及时复位，可能需要手术治疗，严重时需手术切除坏死的卵巢。
4、多胎妊娠
由于移植多个胚胎到子宫，因此试管婴儿移植手术技术导致的多胎妊娠率显著高于自然妊娠，约为 25-30% 左右。多胎妊娠晚期流产和早产的风险显著高于单胎妊娠，母亲患妊娠期糖尿病、妊娠期高血压病、发生难产和产后出血的风险显著增加。因此，多胎妊娠对母儿都不利。目前许多试管婴儿移植手术中心为降低多胎妊娠率，开始减少移植胚胎数，或进行单胚胎移植。对于三胎或三胎以上妊娠者，必须进行减胎，而对于双胎妊娠者，建议患者减胎。
5、宫外孕
一般人群宫外孕的发生率为1%-2.5%。虽然试管婴儿移植手术是将胚胎移植到子宫内，但由于输卵管趋化因子对胚胎的影响，胚胎会游走到输卵管内，在输卵管内着床、发育，造成宫外孕。有时胚胎还会种植在宫颈等部位。因此，接受试管婴儿移植手术治疗并不能防止宫外孕的发生，相反，接受试管婴儿移植手术治疗的妇女宫外孕的发生率高于一般人群，为2%-4%。
6、经试管婴儿移植手术技术产生的后代的安全性
有些文献报道试管婴儿移植手术技术可能使某些类型的出生缺陷发生率增加，而一些文献并没有类似发现。总的来讲，试管婴儿移植手术技术诞生的后代出生缺陷的发生率是很低的，大约是2～4% 。
