小儿支原体肺炎的治疗与一般肺炎的治疗原则基本相同，采取综合治疗措施。包括一般治疗、对症治疗、抗生素的应用、肾上腺皮质激素，以及肺外并发症的治疗等5个方面。
治疗最主要的是呼吸道隔离。由于支原体感染可造成小流行，且患儿病后排支原体的时间较长，可达1～2个月之外。婴儿时期仅表现为上呼吸道感染症状，在重复感染后才发生肺炎。同时容易再感染其它病毒，导致病情加重迁延不愈。因此，对患儿或有密切接触史的小儿，应尽可能做到呼吸道隔离，以防止再感染和交叉感染。对病情严重有缺氧表现者，或气道梗阻现象严重者，应及时给氧，给氧方法与一般肺炎相同。
中西医结合治疗效果好：
正确选择抗菌素是治疗支原体肺炎成败的关键。由于支原体躲在细胞内，而青霉素类及头孢霉素类药物在细胞内浓度很低，加之这两种抗菌素是通过破坏细菌的细胞壁杀灭细菌的，而支原体没有细胞壁，使得以上两种抗菌素“无能为力”。临床应用证实红霉素在细胞内浓度很高，可以杀灭支原体，但是红霉素副作用较大，近年已用阿奇霉素代替，后者作用时间长，每天只需服用一次，副作用相对较少。一般需服用2～3周药物，否则容易复发。
在服用抗生素的同时应用中医中药疗效更好，因为中药治疗支原体感染不仅是针对支原体，还可调动机体的免疫功能，促进排痰，增强呼吸功能。常用炙麻黄、杏仁、生石膏、黄芩、射干、蝉衣、僵蚕、前胡、沙参等药物配合。
家庭护理预防很重要：
家长要让患儿多休息，卧室要保持空气新鲜，室温保持在18～20℃，湿度在60%左右，以防呼吸道黏液变得干燥不易咳出。
饮食要少量多餐，吃营养丰富又易消化的食物，多饮水。
患儿在发病期间要注意隔离，以防传染给他人。
家长平时要带孩子多到绿地等自然环境中活动。
适当增加富含维生素C及锌的食物。
家长平时要注意天气变化，及时替宝宝增减衣服。
孩子的玩具要经常消毒。
要教育孩子在咳嗽时用手帕或餐巾纸捂嘴，尽量减少飞沫向周围喷射。
在托幼机构内如发现病儿需立即隔离，以免传染给其他宝宝。
