忽必烈和阿里不哥在和林城外交换对方提出的条件，阿里不哥手下的五员大将被带出，忽必烈也让人抬回库撒儿的尸体，察比和董文用等人趁机从队伍里跑向忽必烈一方，他们被忽必烈接回，忽必烈在和林城外等着阿里不哥的军队，旭烈兀的军队也站在忽必烈一旁。阿里不哥认为形势对他们有利，霍赤观点不同，他清楚实力不及忽必烈。
阿里不哥想笼络各位王爷来补给粮草和兵力，他想等到冬季拖垮忽必烈的大军。忽必烈带人为库撒儿举办葬礼，他让人拿来一盆清水，忽必烈亲自为库撒儿擦手。董文用带酒来到董文忠坟前祭奠，他有很多话要说，云林和刘秉忠找到他后将其劝回，大家都很关心他，他发誓要杀了海都替弟弟报仇，董文用开始训练用腿来射箭，塔娜在一旁帮忙，几经努力之后取得成效。
和林被忽必烈大军团团围住，旭烈兀决定回去，他不想再过问与阿里不哥的争斗，旭烈兀会报杀子之仇，忽必烈带人为他送行，旭烈兀临行前希望忽必烈放阿里不哥一条生路。察比和忽必烈为攻城而发生分歧，刘秉忠相信忽必烈有万全之策，忽必烈的决定让军中士气受损。
忽必烈酒后怒斥大将，刘秉忠等人为其求情，但他们还是被拉出去痛打三十军棍，阿里海牙和阿古郎离开忽必烈。霍赤为阿里不哥提议收心，他还准备去漠北说服众王爷。霍赤见到阿只吉和合丹两位王爷，他执金牌请他们出兵。刘秉忠担心军队供给，他们需要速战速决。
阿里海牙和阿古郎带兵投靠阿里不哥，阿里不哥实力大增。阿只吉和合丹邀请忽必烈前去商谈事情，忽必烈猜想他们是来求和的，他自有妙计应付。忽必烈见到阿只吉和合丹后知道他们意图，他们站起来想对忽必烈不利，忽必烈清楚外面都是他们的人，漠北王爷的兵马被旭烈兀率军包围，忽必烈见到他后才放心，旭烈兀带兵前来让漠北王爷不敢反抗。
打仗天才忽必烈第54集剧情介绍阿里不哥收到开平开战的消息后十分高兴，霍赤劝他要等忽必烈退兵后再行动。漠北诸王答应忽必烈假意攻打开平，刘秉忠准备烧掉营地引阿里不哥上钩。忽必烈的三路大军成功会师，阿里不哥听海都说起忽必烈军营起火后来到墙头查看，霍赤也认为出兵时机已到。
公元1262元，忽必烈和阿里不哥两兄弟为了争夺汗位爆发了第二次战争，忽必烈率诸路大军与各路王军的军队挥师北上，与阿里不哥围绕和林城展开全面战争。对于忽必烈来说，这次的反击只能成功不容失败，如果这次无法取得胜利，他的大汗之位将岌岌可危，由于双方军队实力相当，任何一方想要取胜都必须付出惨重的代价，对阿里不哥来说，成功取得和林虽然是一个重大胜利，但是如果不能彻底消灭忽必烈他的大汗之位依然不能得到蒙古王爷们的认同，他深知只有拼死一战，赢得最后一战才能成为真正的大汗。
察比希望忽必烈能放下与阿里哥的兄弟之情的包袱，成就霸业，但忽必烈心里怎么想的，谁也不知道，而董文用还背负着为弟弟董文忠报仇并且一雪自己断臂之耻的使命。对一代谋士霍赤来说，这也许是他生命中最后一次击败刘秉忠的机会，他无时无刻不祈求长生天眷顾自己。两位谋士在战场上刀光剑影的背后，进行着一场智谋的博弈，双方军队铺天盖地在和林城外展开对决。
阿里海牙的兵马赶到，他们临阵倒戈率军冲向阿里不哥的阵地，那是忽必烈之前设的苦肉计，他们成功骗过阿里不哥和霍赤。董文用奉命率军出击，虽然断了一只胳膊，但杀敌并不含糊。阿里不哥见势不妙只好率军退入和林城内，他利用易守难攻的机会暂稳脚跟，忽必烈攻城受阻后只好率兵围城。
阿里不哥和忽必烈兵出一家，双方对战法都很了解，并熟知对方用兵之道，双方一时间僵持不下，形成对峙局面。阿里不巴指责霍赤时两人发生争吵，海都从中调解，他劝阿里不哥先不要杀害霍赤。忽必烈想到破城之计，他清楚蒙古军队的优劣，北门是仓促修建而成，忽必烈命人分四路兵马围攻和林城，他相信两小时内必定破城。
