1935年春，天津去上海的火车就要发车，乔装成男生的如画和老大在站台卖抗日围巾为前线筹钱。一群日本浪人经过，老大趁机偷了他们的钱。这一切被准备上车的方云天看在眼里，他小小地教训了一番老大，让老大要小心。
火车开动，如画和老大不顾高文轩的劝阻继续在车上兜售围巾。张龙告诉文轩，他们的货物跟日本人的货在同一节车厢，文轩赶去查看。黑龙会的会长川岛雄一看见云天，认出他是在日本时为了自己女儿云子跟自己手下决斗的那个人。
笠原小野要求文轩把货物搬到别的车厢，文轩不愿，一言不合，小野伸手要拔枪，看到川岛示意，忙改口和解。川岛让小野不要太紧张，欲盖弥彰。靳非告诉云天，他父亲方玉龙的死讯，方老爷横死山东，遗体到现在还未找到。云天表示自己此番归国就是要查出杀死父亲的凶手。
血色樱花剧照
曼丽向如画和老大连买了两条围巾，如画很感激。一旁的日本人对曼丽起了歹意，对她动手动脚，如画和老大要帮忙，与日本人起了争执，幸好云天赶到，用日语制止了日本人，如画和老大以为云天是日本人，怀疑他是日本间谍。云天表示自己在日本留过学。
云天到餐车点了一碗阳春面，文轩进来也点了一碗，两人意外相遇。谈话间，吉田带着几个浪人进来，执意要服务员端给云天两人的面。云天和文轩不满他们的嚣张，不肯相让，吉田一气之下拔出枪，川岛进来，制止了众人。
杜宇点燃了一节车厢，引起混乱。川岛独自在车厢读诗，曼丽在门外应和了他的诗，川岛引为知音，两人相伴读诗。这时，吉田赶来告诉他出事了。看守货物的日本人被刺死，张龙晕倒在旁，手里握着带血迹的匕首。小野要带走张龙，让文轩负责。争执间黄探长赶到要接管车厢。川岛亮出身份，邀请黄探长小酌，文轩也亮出两人身份。云天分析案发现场，表明张龙是被陷害的。
血色樱花第2集剧情介绍杜宇跑道火车顶部，平瑞拦住他，让他交出东西，两人在车顶相博。众人听到动静，黄探长派人查看，明白凶手另有其人，放了张龙。
如画和老大怀疑日本人的货有问题，云天表示若要进去查看，需要得到黄探长的钥匙，老大自告奋勇去偷钥匙。川岛邀请黄探长喝酒，拿出一包金条，黄探长一边推辞一边放进了口袋。酒足饭饱之后，黄探长告别川岛离开，老大假意扶他，顺利得到了钥匙。
云天和文轩决定天黑后动手，云天不让如画参与，如画赌气离开。她找到曼丽，向她询问日本人的货物装了什么。曼丽以一口流利的日语骗看守车厢的日本浪人自己是日本人，从他们口中得知那批货物装的是日本军火。
如画将这一消息告诉云天和文轩，两人决定查看清楚，拦下日本人的军火。但中途有两个日本浪人看守，为了支开日本人，如画和曼丽使用美人计，在张龙的帮助下引起骚乱，云天和文轩顺利混进货物车厢，平瑞尾随二人。
货物真是军火，云天决定炸掉货物，此时日本浪人赶到，举枪相向。危急之时，平瑞用枪打死了日本人，但枪声引来了更多日本人。枪战中，平瑞中枪，他让云天赶紧卸掉车厢挂钩。川岛听到枪声赶来，但云天已经卸掉挂钩，平瑞把自己的包袱交给云天，让他们离开，自己拉开手榴弹与军火一起葬身火海。
三人回到上海，如画得知云天是方玉龙的儿子愤怒离去。云天和文轩受平瑞之托将他的包袱交给了他弟弟平川。文轩告诉云天，方玉龙生前把方家祖宅输给了如画的父亲沈富贵，沈富贵一时刺激中风了，因此如画才如此讨厌云天。
云天回到家，方母伤心悲痛，此时平川来到方家，原来平瑞包袱里装的竟是方玉龙的骨灰和一封信。方玉龙在信中叮嘱云天一定要收回祖宅。
血色樱花第3集剧情介绍云天赶到高家问起父亲的死，高信义让云天不能沉浸于悲伤，要撑起方家。他决定将龙信交给云天和文轩管理。
川岛与刘秉章会面，表示要与他合作药材生意，刘秉章说在上海医药界自己的公司略胜一筹，但龙信是强劲的对手。川岛有意垄断上海医药，此番是受日本军方委托。
上海商界年会上，各界名流汇集。曼丽跟着百乐门的姜老板出席，原来她是百乐门的红人。高信义在会上宣布了自己隐退的消息，沈富贵借此机会代如画向云天提亲，表示愿将方家祖宅作为嫁妆。
如画不开心自己的婚姻被父亲操控，文轩安慰她，如画求他一定要帮自己。文轩向云天问起此事，云天表示自己在日本有心上人，而且他也看出文轩对如画的感情，表示自己会要回祖宅，但不会跟如画结婚。
云子来到上海，与云天见了面。云天表示自己一定不会辜负她，让云子等他处理好父亲的事。两人的亲密被高桥看到。
高桥跑到龙信银行要存钱，但方玉龙曾立下规矩不接受外国人存钱。高桥蓄意挑衅，云天一番话说得他哑口无言。云天表示若高桥愿意存款他可以接受，并宣布即日起龙信银行接受外国人存款。
刘秉章找上云天和文轩，表示要与两人合作，租用龙信码头。文轩不愿意，但云天答应了，但要求刘秉章不许运毒品、军火和日本人的东西。
云天告诉沈富贵自己无法与如画结婚，沈富贵约他第二天晚上到方家祖宅见面。
云天带文轩去见云子，却得知云子已由一个男人帮忙退了房。原来云子被高桥带回去见父亲川岛，川岛不许她跟云天来往。
杜宇找上文轩，表示火车上一面之缘，自己很欣赏他。
