洪承畴安排柳如是与钱谦益逃离南京。钱谦益在半路上又被清军抓获，柳如是却被陈玉龙接走。陈玉龙在太湖一带拉起一支队伍，成为抗清义军的首领。
柳如是在太湖住了几日，坚决要求回南京营救钱谦益，陈玉龙百般苦劝也不能使她回心转意。柳如是回到南京，住在一家小客栈里，寻找机会接近庄太后。多尔衮收买了洪承畴的手下，用题有柳如是反诗的《仕女图》陷害洪承畴，使他下狱。
庄太后察觉到多尔衮始终不能忘情柳如是，两人关系出现致命裂痕。柳如是得知洪承畴的遭遇，决心救他出狱，因为她已经开始理解洪承畴的苦衷。
魂断秦淮第28集剧情介绍钱谦益绝食数日，奄奄一息，赛沁出现，愿意终身侍奉钱谦益和柳如是两个主人，她的柔情感动着钱谦益，使他放弃了绝食。大难不死的鳌拜秉承太后意旨，向多尔衮寻衅。多尔衮隐忍不发。
庄太后微服私访时，在茶楼听到柳如是卖唱，将她传入宫中。柳如是借此机会，点出洪承畴的冤情，庄太后信以为真，以李盖调包的《仕女图》为凭证，赦免了洪承畴和柳如是，多尔衮因诬陷忠良而被夺去南征帅印。
钱谦益因为降清有功，被清廷加封，但是满心懊悔的钱谦益在纳赛沁为妾的喜庆中忧郁死去，痴情的赛沁以身相殉。恢复自由的柳如是赶到时，看到的是心上人与别人同赴黄泉的惨烈场面。侯朝宗找到李香君出家的寺庙，告诉她自己已经辞去清朝官职，只想与她过男耕女织的生活。
