女公关恩缠上立仁
顺应气象不稳的现状，鼓吹末日来临的新兴宗教盖亚教以已及时阻止海啸水淹香港为招徕，广收信徒和在公众集会。教主世均被信徒称为「天兄」，他指会带领被选中的1,500人度过末日的「转点」。
研究自然宗教的朱学礼教授曾犯纵火罪，因精神病转到小榄精神病院服刑，后被送到博安医院内疗养。经精神科医生慧翘诊断，认为他已完全康復能出院，可惜学礼本人不能忘记过往罪行，不想重回社会，应奇亦认为学礼曾犯严重罪行及严重精神分裂，加上慧翘曾是学礼学生，有护短之嫌，因此不同意让他出院。
博安医院一众年轻的医生都担心应奇会受上司永铿提拔升职，但慧翘独排众议，她更冷静分析，指永铿可能请外来医生任职。
中学校花误信邪教
立仁和志森在回立仁家路上遇见盖亚教信徒游行示威，惊见其中一人是中学时的校花淑宜。两人回想中学时点点滴滴，担心淑宜的丈夫立信是否知妻子已误信邪教，便联络立信。
二人联同启荣赶到夜总会，发现立信已酩酊大醉，但舞小姐颂恩仍未放过他，要与他猜枚对饮，立仁代他猜枚得胜，惹得颂恩不悦。原来淑宜信教后便性情大变，更提出要与立信离婚，立信只有借酒浇愁。
众人送立信回家时，颂恩为摆脱麻烦客户借立仁解围，搭便车与好姐妹芮之会面，更借立仁手机联络芮之。芮之介绍小混混卢波给颂恩，让她分售毒品。
立仁和志森不忍立信婚姻亮红灯，便偕启荣一同前往盖亚教的大本营探望淑宜。当天正好是天兄与信徒聚会的日子，三人更首次看到所谓的「神蹟」，看见信徒如何赤脚踏过火炭之路。
闯盖亚教辩证真伪
三人受到淑宜与世均招待，对谈间，三人以科学角度一一辩证「神蹟」和盖亚教的各种教义，结果惹得淑宜大为愤怒，不顾校友情谊赶走三人。启荣联想到盖亚教的教义与学礼教授的末日理论极为相似，立仁决定翌日与他一同到博安医院。
学礼失踪立仁就职
在博安医院带定期病人到社会适应环境的期间，学礼趁乱脱离大队，自此不知所终。应奇藉逃走一事更认定学礼仍未康復，实为针对慧翘诊断。
随启荣赶到医院的立仁马上从学礼的睡枕下发现一张写满数字的纸条，应奇不满启荣带外人到医院，但原来立仁早已被永铿挖角担任顾问医生。
慧翘与学礼较常接触，知道他研究自然神论、多类型宗教、宇宙星体等，在撰写《地球毁灭论》时陷入精神错乱听到神喻，犯下纵火案造成二死一伤。虽然应奇指学礼逃走，但学礼正待精神评估，再过一个月便能离开出院，根本无需逃走。
众人观看监察摄录，发现三日前有一女子找过学礼，立仁认得她是颂恩的好姐妹芮之，手机内还有她的号码纪录，可是致电过去发现无人接听。
芮之知道波旗下多个贩毒中心被警方发现，担心颂恩被波误会出卖组织，劝她收手不要再协助他贩毒，颂恩反指芮之妨碍她的生财之道，两人便在休息室吵起来。不久后，芮之竟被发现陈尸女厕。
仁心解码2第3集剧情介绍芮之被杀一案，由重案组国彬接手调查。国彬到现场检查尸体，重组情况后判断兇手跟随死者入女厕后，用绳把她勒死，女厕正是案发现场。警方在芮之手机内见到有立仁来电显示，便请他到警局协助调查。
立仁国彬讨论案情
立仁与国彬交换情报，指芮之曾到医院找学礼，之后学礼便行踪不明，警方因此也欲找出学礼。由于颂恩在芮之死前曾与她争吵，不免被警方查问，但警方最后未能找到证据，只好放走颂恩但暗中跟随她。
颂恩赶往见波，却被怀疑出卖组织，在危急时国彬下属振东出手想为她解围，颂恩机灵维护波，才摆脱背叛的嫌疑。
立仁和国彬讨论案情，立仁认为颂恩无嫌疑，指她在芮之死后真情流露，虽看出她仍有所隐瞒，但隐瞒之事应与芮之死无关。因为在监察摄录中见到学礼曾到夜总会，正与芮之的死亡时间脗合，所以破案关键乃是学礼和芮之的关系。
立仁指责应奇误诊
医院一位患老人痴呆的病患梁伯病情反覆，但主诊医生应奇在报告指一切正常，于是见习医生日勤便带立仁重诊。立仁发现梁伯病情严重，而且后脑有伤，疑因伤令病情急转直下。立仁向应奇更新病患情况，应奇马上承认忙中疏忽，但被立仁指责他妄顾病患。
启荣记得曾听过学礼提及「2025」这数字，分析2025与天灾有关。慧翘不满被指断症错误，指学礼早已康復，而康復与否亦可能杀人，立仁则一语道破启荣推理错误。
瑶珠开解晓彤情绪
志森女儿晓彤突然与男友吵架，志森欲开解女儿但被拒，于是找嘉丽帮助，一同查看嘉丽在社交网站上的动静。嘉丽自愿跟晓彤倾诉，又向志森建议可以聘请心理学家瑶珠加入诊所。
瑶珠在咖啡店目击晓彤与男友争执场面，主动上前结识她和开导她。晓彤接受瑶珠辅导后已能面对问题，向嘉丽和父亲言明真相。原来她不久前在巴士遇到色狼，故突然对男子产生恐惧。志森不忿放过色魔，又指女儿笨不求救。晓彤说出知道父亲得知后，一定有此反应才一直隐瞒，事后回想仍感到惊恐。因女儿之事，令志森知道瑶珠确实有才华，便到咖啡店找她加盟。
学礼现身世均受袭
芮之设灵出殡当天，颂恩见到学礼出现，可惜未能追到他。颂恩找立仁见面，告之自己调查所得，又说曾记得芮之曾叫她一同回教会，但当时她有感盖亚教奇怪而没理会。立仁见颂恩分析案情头头是道，已道破她的真正身分，但颂恩坚持不认。
立仁知道盖亚教的教义抄袭学礼未出版的《地球毁灭论》，故此判断世均与学礼关系非浅，但此时立仁收到国彬通知，指世均突然受袭，更有人指学礼曾在事发现场出现过。
