太子听取文中建议，命令内阁发送八百里加急给辽东总兵杨镐，安排退兵。
内阁大臣方从哲以不是皇帝意愿为由，扣下谕令。辽东战败，伤亡惨重，皇帝心力交瘁，郑贵妃乘机向皇帝进谗言诋毁文中，文中被调离太子身旁。
皇后病重，病床前，太子答应皇后不负众望。郑贵妃宫中，皇帝谈及往事，郑妃得知当年“妖书案”乃皇帝所为，气愤不已。
明宫谜案第27集剧情介绍皇后病逝，皇帝病倒。太子前来探望，皇帝示意太子待其死后，封郑贵妃为皇后。
文中临走前再次劝谏太子，太子不听。文中被派往李如桢手下任职，郑国泰提醒李如桢整治文中。
李选侍欲当皇长孙养母，求郑贵妃向皇帝进言。文中被安排巡城，偶遇同乡刘璞进京告御状，文中将他们安置在客栈之中。
皇帝大病初愈，陈矩恳求皇帝恩准其告老还乡。
明宫谜案第28集剧情介绍皇帝召见内阁和六部官员，当众颁布圣旨废除矿税，大赦天下。郑贵妃借机又进文中谗言，陈矩力挽狂澜，皇帝赦免文中。
陈矩劝文中带家人离京避祸。万历皇帝驾崩，太监总管王安听从陈矩建议向新皇进言调李如桢离京镇守辽东。
新皇朱常洛继位，恢复早朝，颁布新制，一时震慑朝野。
郑国泰向姐姐郑贵妃建议，再用美人计与新皇交好。
明宫谜案第29集剧情介绍文中带家人在湖广刘璞药铺帮忙。郑太妃求见新皇常洛，赠送八名侍女伺候，常洛欣然收下。
医馆又开新的分号，文中玉萍负责照看。新皇常洛沉迷女色，不能自拔。
太监李进忠进书引诱皇帝淫乐，皇帝赐其恢复本姓魏氏，并赐名忠贤。
魏忠贤深得皇帝常洛和皇帝长子朱由校喜爱，地位日升。王安来找内阁，欲请大臣上凑郑太妃不宜晋封一事。
明宫谜案第30集剧情介绍新皇精神日渐不振，魏忠贤又向皇帝进献新药。王之寀等人来找王安，打听文中下落，王安让其去找余子介接文中回宫。
王安劝新皇不要贪恋女色，新皇斥责其多管闲事。太医诊断新皇乃纵欲过度。
早朝之上，满朝文武大臣责骂郑国泰进献女色魅惑新皇，国泰惊慌，劝郑太妃早日移宫。
郑太妃来见新皇，亲喂莲子羹，新皇同意太妃移居慈宁宫暂住。
