罗仁贤向何琳提出金钱和生命安全为条件以交换共产党方面的重要情报，何琳将他转移至监狱以确保安全，等待马成峰回蓉定夺。叶宇飞听到这一切，随即找到吕鸿儒，让他帮自己进入监狱。
叶宇飞与老李碰面，商议罗仁贤的问题的解决方案。老李准备撤离与罗仁贤相关的人员，但叶宇飞认为，只有锄掉罗仁贤，才能免除后患。权衡之下，老李同意了叶宇飞的想法，但对他亲自去执行任务这点表示担忧，但也别无他法，于是派二楞等人出城联络游击队，拖延马成峰，给叶宇飞制造时间和机会。游击队接到消息，迅速展开布置，阻击马成峰的车队。双方在城外激烈交战。马成峰察觉有异，命令何琳立刻赶往监狱。
很快，吕鸿儒便贿赂了典狱长，取得了通行证。两人一同进入监狱，见到了罗仁贤，并将他毒死。叶宇飞和吕鸿儒迅速离开监狱，刚到监狱门口，却被许东一人一枪击中了胸口。
叶宇飞和吕鸿儒被送到医院抢救，叶泽宏立刻下令派人查清是哪家医院。马成峰则指示何琳，外松内紧，等着共产党来营救谁，谁就是共产党。何琳让马斌穿上病服，换掉叶宇飞，并派特务埋伏在医院内。
二楞潜入了抢救叶宇飞和吕鸿儒的医院，乔装成医生，准备营救。另一方面，许东质问老李为何命令他向叶宇飞开枪，老李没有回答，只是向许东等人布置了营救计划。
智斗古城第30集剧情介绍许东等人展开了行动，但他们只单单营救吕鸿儒，何琳好戏落空，倍感震惊。许东等人将吕鸿儒带出医院，与特务和宪兵队在巷道激战，最后经由地道脱离。
次日，马成峰质询叶宇飞，叶宇飞则巧妙地将共产党的身份和罗仁贤的死亡都推到了吕鸿儒身上。马斌也在吕鸿儒的办公室里搜出了起义人员证明书。马成峰和何琳无话可说，只得放过叶宇飞，全力追杀吕鸿儒。而老李已经将吕鸿儒送出了城。
丁大海再次刺蒋，但韩茂青早已设下了圈套，丁大海被抓住，送到保密局刑讯。何琳则请叶宇飞到刑讯室，由他刑讯丁大海。叶宇飞没有动手，丁大海激怒了何琳，何琳命令叶宇飞亲手将丁大海活埋。叶宇飞知道事情已经无可挽回，为丁大海点了支烟，然后动了手。何琳见叶宇飞也无迟疑，便由此作罢，由特务们动手活埋丁大海。叶宇飞头也不回地转身离去，眼泪也随之落下。
许东等人和叶宇飞为丁大海祭奠，誓报此仇。许东等人也决定加入共产党。老李将许东任命为武工队队长，叶宇飞为政委。
胡宗南登门逼宫刘文辉和邓锡侯，要他们交出兵权。刘副官迅速与老李会面，请他到刘公馆协商。叶泽宏派许东暗中保卫。同时，马成峰也派出何琳秘密监视公馆。
夜里，许东巡查之时发现了何琳，一怒之下向她开枪，两人巷战，被刘副官带人抓获。刘副官将何琳押到保密局，向马成峰讨说法。马成峰收到韩茂青指示，舍卒保帅，稳住刘邓，便命令叶宇飞对何琳执行枪决，叶宇飞朝何琳的胸口开了一枪。
智斗古城第31集剧情介绍停尸房，何琳醒了过来。原来马成峰早已安排在执行枪决的那把枪里换上了橡皮子弹。并安排何琳避开共产党视线，潜伏下来，带领秘密组建的特别行动队，伺机而动。
刘副官向老李和叶泽宏报告，刘邓两位将军准备出城，到邓锡侯的95军阵地择机起义，请求叶泽宏的保安队和老李的武工队协助。叶泽宏和老李当即下令全力配合。而刘副官则带队在西门外佯动，吸引保密局的注意力。
刘文辉在城内几次换车，甩掉了保密局的监视，平安出城，并与邓锡侯顺利汇合。何琳带领特别行动队在城外准备截击，许东等人也早已到位，以防埋伏。双方在刘文辉车队经过时展开交战，何琳的别动队被悉数击毙，何琳逃脱。马成峰随即放出假消息，宣称刘邓被共产党歼灭，制造恐慌。何琳的别动队在城内大肆暗杀起义人员、民主人士和策反对象，并栽赃共产党。
叶泽宏和老李、叶宇飞旋即商议对策，并以揪出暗杀队为首要目标。与此同时，蒋介石对所有“政治犯人”批准了“集中处理”。
叶雅颖被拉上囚车，叶宇飞追赶而至，却无能为力，兄妹两人痛苦诀别。
叶泽宏在黄浦楼前请命，蒋介石再度避而不见。老李决定救人。叶宇飞带领武工队出动。而马成峰则在叶府和保安厅外布控。
武工队对关押叶雅颖的车队进行阻击，将车队包围，但却发现叶雅颖根本不在车里。另一边，叶泽宏接到了消息，真正的秘裁场所是在十二桥。但是一切都晚了，叶雅颖呼喊着“新中国万岁”，在枪声中倒下。
