以著名佛教圣地扬名四海的五台山，终日晨钟暮鼓，梵音缭绕。1937年，七七事变爆发，日寇的疯狂侵略，五台山地区僧侣、寺庙受到了严重的打击和破坏，佛教圣地从此不再清净。日本侵略者的暴虐淫威彻底激发了全国军民的抗日热情，揭开了中华民族全民抗战的大幕。值此民族存亡的危难关头，五台山地区的广大僧侣做出了“出家不忘爱国，入世灭日寇，惩恶即扬善”的正义抉择。
在晋察冀八路军的领导下，1938年春天，五台山青黄两庙僧众举行了声势浩大的抗日动员大会，并于同年4月16日宣布正式成立“五台山佛教救国同盟会”。当时，台怀镇内48座青庙、21座黄庙的各族僧众1700多人都参加了佛救会。之后，佛救会将五台山青黄两庙18岁至35岁的480多名青年僧人迅速组织起来，成立僧侣自卫队，接受八路军组织的抗日培训，和日本侵略者展开了悲壮的浴血抗争。
八年抗战中，五台山男妇僧人参加抗日人员达到1000余人，在战争中伤亡极为惨重。五台山众僧投身抗日、保家卫国的精神，为我国波澜壮阔的抗战历史，添上了浓墨重彩的一笔。杨万凤一次在河里洗澡时被日本人调戏，虽被鲁志成救下但也被其看到到背影，认定从此就是鲁的人，两人在林中杀死六名日军，杨万凤教他如何使用枪支，日军动用飞机大炮向八路军独立团发起攻击，独立团还击后突围出去。
日本静云法师来到五台山的寺庙里投宿，他热爱刀法，钻研佛法，是真正的日本和尚，见到方丈后说明来意。鲁志成带枪来到寺庙要出家，杨万凤反对他的决定，两人发生争吵。方丈明空性格刚强，慈悲为怀。毕业于军事学院，曾是地方部队的司令，后被志远师傅点化，最后入寺并成为方丈，明空见到鲁志成后将他赶出去。鲁志成出门后将那几把枪藏了起来，他再次跟随和尚来到寺庙。
电视剧决战清凉山剧照
明空拒绝鲁志成当和尚，鲁志成坚持要留下来，在悟尘的劝说下他最终被方丈留在厨房，杨万凤知道后一怒之下要去当尼姑，她被拒之门外，杨万凤坐在门口不走，深夜后才被叫入尼姑庵，她被留下来做杂役。悟尘是好好先生般的伙房厨师。外表老实厚道，深藏不露，武功高强，藏武艺于厨艺中，不动声色地传了鲁志成不少的武功。
悟尘一早叫醒鲁志成让他去挑水，柳生霸川是日军柳生联队的联队长，自信，打仗要快!酷爱刀法，有武士道精神，全日军刀法冠军，每天不能比武，就以天皇所赐银把军刀杀人取乐。柳生霸川信奉武力征服中国。重点任务是在五台山地区剿灭国共军队，同时接到密令，盗取镇寺之宝华严血经。柳生霸川的副官浅见发现有陌生人出现在白塔寺，柳生霸川知后派人去那里集结。
杨万凤一夜未睡，第二天一大早就去找鲁志成，鲁志成故意躲避杨万凤。日军到白塔寺后让他们交出凶手，明空的师弟明远是寺院里的执法僧，他向明空汇报日军来此目的，明空安排悟尘将鲁志成藏好。明空出门后否认寺内有日军要找之人，柳生霸川不想在寺里大开杀戒。悟尘得知日军前来后急忙去通知砍柴的鲁志成，鲁志成看到日军残害被抓的民夫后想上前制止，杨万凤将他拦住。
决战清凉山第2集剧情介绍日军在白塔寺四处搜索后没发现可疑人员，柳生霸川带兵撤退。明空带弟子为死去的民夫做法事，静云来到大殿表示慰问。静云夜里在白塔寺内乱转时被明远发现，明远带他回僧房。鲁志成拿菜刀要出厨房时被悟尘绊倒，悟尘将他扶起来，鲁志成生气出门。
明空入夜后进入禁地，鲁志成路过静云僧房被他察觉，鲁志成来到明空房中坐下，大喊几声却不见方丈踪影，他搬动柜子时无意中发现禁地的入口，鲁志成悄悄进入查看情况。鲁志成遇到悟因后被拒绝往里进，他大声吵闹起来，鲁志成要硬闯时摔在地上，明空让悟因和悟果将鲁志成架到上面。
鲁志成受了内伤，悟尘背着将他送入普济庵交给了尘师傅，了尘听到声音后开门见到受了内伤的鲁志成，鲁志成被扶入普济庵，杨万凤十分担心，了尘为鲁志成施针，鲁志成醒来，杨万凤拿着药方去抓药。鲁志成见到杨万凤后和她争吵起来，悟尘接他回白塔寺。独立团团长富大龙接到师长电话，师长让他协助兵工厂厂长魏红军和政委田英建立晋察冀秘密兵工厂，还配了副厂长傅卫国。
明空让悟尘点化鲁志成的功夫，还让鲁志成保密禁地中看到青龙偃月刀的事情。鲁志成烧火时看到灶台上的武术图案，他拿菜刀练习起来，悟尘假装不懂武功，他让鲁志成将那些武术图案遮挡住。悟尘一早被明远催做斋饭，鲁志成看出他会功夫，悟尘答应教他。逃难的老百姓来到白塔寺前求监寺收留，明远施粥给他们，寺里一下子容不下那么多的灾民。
明空出门后留下那些灾民并留在后殿，富大龙找遍山区后找到适合建立兵工厂的地方，那里洞洞相连方便转移，是最安全的天然兵工厂。鲁志成砍柴时将枪拿出来无意中放响，当他听到枪响后急忙赶过去，巡逻的日军发现选兵工厂的八路军，双方交火，鲁志成带枪赶过去，他从背后开枪将部分日军引开，田英子弹打光，鲁志成拉她跑开，大队日军听到枪声后急忙赶过去，日军将山路封死，鲁志成提议让田英去山上的普济庵躲避。
决战清凉山第3集剧情介绍田英为鲁志成讲明抗日道理，她担心其他同志的安全。杨万凤吃饭时悄悄将馒头和窝头藏起来，她准备给鲁志成送去。净觉看到日军围困后山，他回白塔寺后向空远说明情况，空远让人将寺门关上，杨万凤以找鲁志成为由进入白塔寺。田英发现灶台的图案后被鲁志成故意引开注意力，杨万凤在厨房看到鲁志成和田英在一起时大加指责，田英百口莫辩。
悟尘看到田英后说起日军已围起白塔寺，鲁志成要出门杀日军时被悟尘拦住，悟尘提议将田英先藏起来，她跟随他来到藏经阁。慧远得知日军来后将寺门打开，他现身说法，柳生霸川的副官船头正治将慧远杀害，鲁志成拿着菜刀出门和日本浪人比试，柳生霸川亲自出手教训了鲁志成，鲁志成倒地吐血，柳生霸川没杀他，明空出门时见慧远师叔已经经圆寂，静云回寺时化解危机，柳生霸川带兵离开。
日军走后田英从箱子里出来，她要感谢慧远时才知道他为维护寺庙的安全被杀害，悟尘从后门送走田英。富大龙被师长王远山指责，他答应找回田英，田英回后才让他们放心。田英和王远山来到白塔寺吊唁慧远法师，鲁志成开门后被明远指责，明远让鲁志成回伙房，他向明空汇报情况，明空亲自前去迎接。
王远山见到明空后说明来意，鲁志成借送茶之机见到田英。王远山劝明空在白塔寺成立抗日自卫队，鲁志成偷听时被明空发现。柳生霸川听说吊唁慧远法师的人数不少，他没有派兵驱散，只是让日本僧人前去吊唁。
静云假装好人要为慧远法师超度，明远拒绝了他，还请他回斋房休息。四位日本僧人强行闯入白塔寺，明空看到后让明远带他们去各殿礼佛，他看出那几个根本不是僧人，还让鲁志成回柴房。鲁志成将粥送入后殿，假冒的日本僧人在大殿胡作非为，他们出门时遇害上鲁志成，明远劝他不要动手。
