一群杀手潜伏在紫禁城，紧盯着熹宗帝和随从走过来，拔出剑跃跃欲试。就在这时，一场突如其来的暴雨，让熹宗帝改变了行程，立刻打道回府。
随行的大太监魏忠贤和奉圣夫人客巴巴失意地互看着。魏忠贤来到东厂诏狱，杀害了东林党同仁齐文林，并悬尸示众。
大明天下第2集剧情介绍玉林沟客栈，他们偶遇到辽东执行任务的锦衣卫百户罗云鹏和麒麟双鞭，大家都是朋友于是决定第二天一起结伴去辽东总兵府。钱嘉义和罗云鹏感到了杀机，信王府的家将王雄涛也赶来相告他们有危险，于是他们连夜出逃。
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姜腾鲛他们动手时，发现杨链他们已经没有人影。这时，一个神秘人赶来告诉姜腾鲛：主公命令等他们见过熊延弼，听听他们说什么再决断。杨链见过熊延弼述说了魏忠贤的罪行，熊延弼很愤慨同意弹劾魏忠贤，大家相约京城见面，一起弹劾魏忠贤。
魏忠贤得到了杨链和熊延弼的谈话内容，冷笑不已，下达了必杀令。门外，顾秉谦拿着厚礼要见魏忠贤，被管家挡驾。顾秉谦无奈。杨链一行在半路上中了埋伏，一场激战。
关键时刻，熊延弼的贴身侍卫带人赶到，他让杨链一行快走，自己和蒙面杀手交战，最后竟然和手下全部被杀。蒙面杀手在熊延弼贴身侍卫身上放了一些东西。杨链和钱嘉义感到事情有暴露的可能，决定化装分散潜回京城。
罗云鹏和麒麟双鞭引开了另一对杀手，掩护杨链和钱嘉义逃走。魏忠贤和许显屯、田尔耕面见熹宗帝，拿出从熊延弼贴身侍卫身上搜出的证物：多封给京城大臣们的信，要求他们配合匈奴出卖大明江山。还有大笔的金票和一个帐本。涉及包括杨链在内的多个东林党要臣。熹宗帝震怒，要求彻查。
